Video: Hvad er en BAM-indeksfil?
2024 Forfatter: Lynn Donovan | [email protected]. Sidst ændret: 2023-12-15 23:45
EN BAM fil (. bam ) er den binære version af en SAM fil . En SAM fil (. sam) er en tabulator-separeret tekst fil der indeholder sekvensjusteringsdata. Indeksering : IGV kræver, at både SAM og BAM filer sorteres efter position og indekseret , og at indeksfiler følge en specifik navnekonvention.
På samme måde spørger folk, hvordan åbner jeg en BAM-fil?
Fra Fil menu vælge Åben og vælg BAM filer fra venstre side. Vælg knap til højre, der siger Tilføj a BAM fil . Naviger til BAM Prøve Filer mappe, du downloadede, vælg with_index_with_graph. Klik Åben , vælg kort.
For det andet, hvordan konverterer jeg en BAM-fil til Fastq? Nedenfor er trinene til at konvertere BAM-fil til FASTQ-format. Dette vil fungere på Linux og vil kræve SAMTOOLS og BEDTOOLS
- Download SAMTOOLS.
- Udpak ved hjælp af kommandoen tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Det vil oprette en mappe med navnet samtools-version.
- Flyt til biblioteket cd samtools-version.
På samme måde, hvordan konverterer jeg en BAM-fil til en SAM-fil?
Til konvertere SAM til BAM , bruger vi samtools view-kommandoen. Vi skal præcisere, at vores input er inde SAM-format (som standard forventer den BAM ) ved hjælp af -S-indstillingen. Vi må også sige, at vi ønsker, at output skal være BAM (som standard producerer den BAM ) med muligheden -b.
Hvad gør Samtools view?
Samtools er et sæt hjælpeprogrammer, der manipulerer justeringer i BAM-formatet. Den importerer fra og eksporterer til SAM-formatet (Sequence Alignment/Map), gør sortering, fletning og indeksering og gør det muligt at hente læsninger i alle regioner hurtigt. Samtools er designet til at fungere på en stream.
Anbefalede:
Hvad er w3c, hvad er Whatwg?
Web Hypertext Application Technology Working Group (WHATWG) er et fællesskab af mennesker, der er interesseret i at udvikle HTML og relaterede teknologier. WHATWG blev grundlagt af personer fra Apple Inc., Mozilla Foundation og Opera Software, førende webbrowserleverandører, i 2004
Hvad er en proces i et operativsystem hvad er en tråd i et operativsystem?
En proces er i de enkleste vendinger et eksekveringsprogram. En eller flere tråde kører i forbindelse med processen. En tråd er den grundlæggende enhed, som operativsystemet tildeler processortid til. Trådpoolen bruges primært til at reducere antallet af applikationstråde og give styring af arbejdstrådene
Hvad er cellehenvisning, og hvad er de forskellige typer referencer?
Der er to typer cellereferencer: relative og absolutte. Relative og absolutte referencer opfører sig anderledes, når de kopieres og udfyldes til andre celler. Relative referencer ændres, når en formel kopieres til en anden celle. Absolutte referencer forbliver på den anden side konstante, uanset hvor de kopieres
Hvad er en personlig computer Hvad er forkortelsen?
PC - Dette er forkortelsen for personlig computer
Hvad er social engineering, og hvad er dets formål?
Social engineering er betegnelsen for en bred vifte af ondsindede aktiviteter, der udføres gennem menneskelige interaktioner. Den bruger psykologisk manipulation til at narre brugere til at begå sikkerhedsfejl eller give følsomme oplysninger væk